در شورای مرکزی حزب، شهید آیت گاهی با شهید بهشتی درگیر میشد. یکی از این درگیری ها، مسئله پیشنهاد میرحسین موسوی بود که او را به شورای مرکزی حزب آورده بودند و بعد هم سردبیر روزنامه جمهوری اسلامی شد. شهید آیت شدیداً مخالف بود و می گفت این آقا اصلا معلوم نیست کجا بوده، نه سابقه انقلابی و نه سابقه اسلامی دارد. همیشه به موسوی و همسرش بدبین بود. می گفت اینها یک روز جلوی انقلاب خواهند ایستاد. بعداً حزب یک مقدار هم از بنی صدر حمایت کرد که دیگر آیت نزدیک بود دست به یقه بشود! می گفت:«شما از فقه و اصول و اینها یک چیزهایی میدانید ولی از سیاست هیچ چیز نمیدانید. شما دارید مار در آستین پرورش میدهید، بنی صدر خیانت خواهد کرد، خواهید دید.». شهید آیت در مورد بنی صدر خیلی بدبین بود و بنی صدر را جاسوس می دانست. یک بار یک جمعی بودیم، داشتیم از تلویزیون فیلم ورود امام را نگاه می کردیم، تا بنی صدر روی پله های هواپیما آمد، آیت گفت:«این آمده رئیس جمهور بشه».
